En 1988 es asignado al cargo de Coordinador de la Comisión Nacional sobre Administración de Justicia del IEPES para el período 1988 a 1989. Asimismo, es comisionado del PRI en la Comisión Federal Electoral de 1988.
En enero de 1989 y hasta mayo de 1991, es nombrado Director General de Asuntos Jurídicos de la Secretaria de Desarrollo Urbano y Ecología (SEDUE). Le corresponde ahora, por razón de competencia, atender materias relacionadas con áreas naturales protegidas; legislación ambiental; patrimonio inmobiliario federal; calendarios cinegéticos; decretos de expropiación; defensa jurídico contenciosa de la dependencia en materia civil, laboral y administrativa; así como cualquier consulta relacionada con la zona federal marítimo terrestre. Organiza también un Congreso Nacional de Derecho Ecológico, el primero en su genero en el país, en la ciudad de Guadalajara, Jalisco, con la finalidad de impulsar el estudio y reflexión sobre temas ecológicos. En esta etapa se inicia también por primera vez, a sugerencia suya, visitas de inspección integradas por abogados a inspectores de la Dirección General de Prevención y Control de la Contaminación Ambiental, con el fin de verificar el cumplimiento de las disposiciones ambientales y procurar la clausura efectiva, en los casos que así lo ameritasen, de empresas contaminantes. Durante su gestión, se realiza una depuración completa de expedientes en los que se encontraban pendientes de emitir resoluciones administrativas sobre solicitudes de reversión o de inconformidades presentadas por los particulares por la imposición de diversas sanciones.
En 1990, en vísperas de la XIV Asamblea Nacional del PRI, es designado Coordinador Operativo de la Tribuna de Declaración de Principios. Ese mismo año, es nombrado Presidente de la Comisión de Capacitación Electoral de la Federación de Abogados al Servicio del Estado (FENASE).
En junio de 1991 es nombrado, por designación presidencial, Subprocurador de Control de Procesos de la Procuraduría General de Justicia del Distrito Federal (PGJDF), a cuyo cargo estaba el control de los procesos penales. Desde este puesto realiza una supervisión permanente de las actuaciones de los Agentes del Ministerio Publico adscritos a Juzgados Penales con el objeto de intensificar el cumplimiento de los mandamientos judiciales rezagados y pendientes de ejecutar. Para logrado, sostiene reuniones permanentes con el Presidente del Tribunal Superior de Justicia del Distrito Federal y personal de ambas instituciones con el fin de llevar a cabo una depuración total de órdenes de aprehensión y reaprehensión vigentes y pendientes de cumplimentar. De Eduardo Andrade dependía un área especializada de la Policía Judicial para llevar a cabo este cometido y lo realizó con pulcritud y esmero. Algunos casos que estremecieron a la opinión pública son atendidos por el de manera personal al llegar a los Juzgados, quien asume el rol que la sociedad capitalina esperaba de el.
A finales de 1992 recibe la invitación del recién electo Gobernador de Veracruz para ocupar el cargo de Procurador General de Justicia del Estado; por lo que regresa a su tierra, con toda la experiencia adquirida en más de veinte años de trabajo en el servicio público, a desempeñar dicho cargo consciente de la responsabilidad adquirida. Desde este puesto reorganiza a la dependencia introduciéndola a la modernidad e impulsando el concepto de acción digna y honesta de la autoridad. Reestructura a la Policía Judicial del Estado creando áreas de investigación especializada. Instala la Subprocuraduría de Asuntos Indígenas, que seria por cierto la primera en su género en el país, además de una instancia encargada de servir de enlace entre la comunidad y las diversas autoridades de la dependencia. Organiza foros de consulta en todo el Estado para atender de forma directa las demandas de la sociedad veracruzana y fomenta la instalación de Comités de Participación Ciudadana que tendrían como fin transmitir observaciones o críticas con relación al desempeño de los servidores públicos de la dependencia. Crea una oficina encargada exclusivamente de atender los asuntos de las Comisiones de Derechos Humanos; amplia el número de Agencias del Ministerio Público en todo el Estado y obtiene por primera vez en la historia de la Institución algo nunca antes visto en el Estado: ejercer directamente el presupuesto para ciertas adquisiciones y contratación de servicios. Ordena el remozamiento de oficinas e instala el primer Centro de Información en la Dependencia, oficina encargada de llevar un registro puntual de todos los datos estadísticos a través de sistemas informáticos, adelantándose a lo que años más tarde requeriría el Sistema Nacional de Procuración de Justicia a todas las Procuradurías del país.
En 1994, después de una auscultación partidista, es postulado por el PRI para contender al cargo de Senador de la República por el Estado de Veracruz. En la campaña realiza una extensa gira por todo el Estado y recoge las aspiraciones de sus paisanos. Finalmente gana la elección por amplia mayoría y llega al Senado en la LVI Legislatura (1994-1997) en donde preside la Comisión de Derechos Humanos y formó parte de las Comisiones de Estudios Legislativos, de Justicia, de Marina, de Puntos Constitucionales, de Ecología y de Reglamentos y Prácticas Parlamentarias.
En la LVII Legislatura (1997-2000) de la propia Cámara de Senadores, es nombrado Presidente de la Mesa Directiva durante el mes de septiembre de 1997. Preside también la Comisión de Gobernación, Primera Sección, Secretario de la Comisión de Derechos Humanos e integrante de las Comisiones de Cultura, de Deporte, del Distrito Federal, de Equidad y Género, Jurisdiccional, de Justicia de Medio Ambiente y Recursos Naturales, de Puntos Constitucionales, de Radio, Televisión y Cinematografía y de Relaciones Exteriores, Quinta Sección. Es electo por voto secreto de sus compañeros senadores, en la primera elección de este tipo en dicha Cámara, como Vicepresidente de la Gran Comisión del Senado, órgano de gobierno del Senado de la República. Asimismo, fue Vicecoordinador del Grupo Parlamentario del PRI en la Cámara de Senadores e integrante de la Junta de Coordinación Política.

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